Các nhà nghiên cứu phân biệt hai kỹ thuật: lai nghiêm ngặt và lai ít nghiêm ngặt.[2][3]

Lai nghiêm ngặt

Trong kỹ thuật lai nghiêm ngặt (stringent hybridization), hai chuỗi pôlynuclêôtit chỉ tạo thành phân tử lai khi các cặp nuclêôtit bổ sung hoàn toàn với nhau, từ đó phân tử lai (hoặc đoạn mạch kép lai) được tạo thành rất ổn định. Kỹ thuật này thường áp dụng với hai chuỗi pôlynuclêôtit cùng loại.[2][6]

• Trong phương pháp thấm Southern (phát âm IPA: /ˈsʌðən/), các đoạn đem lai đều là DNA.
• Trong phương pháp thấm Northern (phát âm IPA: /nɔːðən/), các đoạn đem lai đều là RNA, hoặc lai DNA-RNA.

Lai ít nghiêm ngặt

Trong kỹ thuật lai ít nghiêm ngặt (reduced stringent hybridization), hai chuỗi pôlynuclêôtit chỉ cần có trình tự tương tự nhau do có họ hàng từ nguồn gốc gần, mọi cặp nuclêôtit không liên kết bổ sung hoàn toàn với nhau, mà chỉ có một số đoạn lai nhất định được tạo thành.[2] Kỹ thuật này thường áp dụng với hai chuỗi pôlynuclêôtit khác loại trong phương pháp dot hybridization (lai theo điểm) và phương pháp slot hybridization (lai theo rãnh).[6] Các phép lai dot / slot bao giờ cũng sử dụng đoạn mạch đơn DNA có đánh dấu bằng huỳnh quang hoặc đồng vị phóng xạ, gọi là đoạn thăm dò (probe) để xác định kết quả lai.[7] Sự khác biệt chính giữa hai phương pháp này là kết quả biểu hiện trên màng lai: ở kỹ thuật lai theo điểm (dot) thì các axit nuclêic tạo thành các đốm tròn, còn ở kỹ thuật lai theo rãnh (slot) thì chúng xuất hiện thành các hình chữ nhật hẹp.[8]